Autyzm atypowy, oprócz tego, że pojawia się jak na to zaburzenie bardzo późno, bo dopiero około 3 roku życia, to chorzy nie spełniają wszystkich tych kryteriów autyzmu, które zawarte są w klasyfikacji diagnostycznej. Jak łatwo się domyśleć, rozpoznanie w tej sytuacji tego rodzaju choroby jest znacznie utrudnione. Do tego jeszcze dochodzi wybiórczość symptomów, nie dających kompletnego obrazu całości. Zaburzone jest rozwijanie wzorców zachowań, budowanie relacji społecznych czy też inne mogące zdradzać przejawy fobii. Dzieci z autyzmem atypowym przejawiają na przykład większe zainteresowanie przedmiotami niż życiem społecznym lub też mogą posiadać opóźniony rozwój mowy. Trudność polega też na niespójnej liście objawów tego zaburzenia, ponieważ sporo jest przypadków indywidualnych, trudnych do jednoznacznej klasyfikacji. Choroba ta potrafi nawet być mylona dość często z zespołem Aspergera, czy też upośledzeniem umysłowym lub psychozą dziecięcą. Zauważono jednak częściej, że atypowy autyzm dziecka przejawia się wykazywaniem chęci do przytulania się z ludźmi, ale niestety brak rozeznania w potrzebach innych, co jest chyba najbardziej zasadnicze w tym zaburzeniu.