Alternatywne metody leczenia zajmują odrębne, aczkolwiek nierównoważne miejsce w systemie opieki zdrowotnej. Większość terapii alternatywnych nie jest w pełni zintegrowana z tradycyjnymi programami ochrony zdrowia. Również terapie alternatywne włączane obecnie do tych programów nie reprezentują wszechstronnego podejścia do leczenia, jak to jest w przypadku kręgarstwa, naturopatii, tradycyjnej medycyny chińskiej czy homeopatii, które stanowią trzon medycyny alternatywnej dostępnej na niekontrolowanym rynku. Wpływ systemu opieki zdrowotnej na alternatywne metody leczenia nie zawsze był pozytywny. Wielu specjalistów medycyny alternatywnej uskarża się na to, że korzyści są zbyt małe ze względu na ograniczenie liczby wizyt i zakresu wykonywanych zabiegów. Niektóre programy zdrowotne oferują symboliczne lub niewystarczające pokrycie kosztów alternatywnych metod leczenia, aby przyciągnąć nowych klientów, jednak takie nierozsądne ograniczenia mogą zaowocować nieskutecznością terapii. Specjaliści medycyny alternatywnej nie zawsze rozumieją zasady programowej opieki zdrowotnej i koncepcję medycznej konieczności. Niektórzy mają tendencję do nadużywania testów laboratoryjnych, inni przepisują zbyt wiele naturalnych środków leczniczych. Istnieje więc potrzeba „oswojenia” praktyków medycyny alternatywnej z programową opieką zdrowotną oraz uświadomienia pacjentom, dlaczego koszty niektórych zaleconych terapii nie są pokrywane.