Naturopatia odnosi duże sukcesy w zakresie profilaktyki, leczenia ostrych stanów chorobowych, chorób przewlekłych i zwyrodnieniowych, kiedy inne zastosowane metody okazały się nieskuteczne. Medycyna naturalna ma jednak również ograniczenia. Lekarze naturopaci uważają, że medycyna konwencjonalna przewyższa naturopatię w leczeniu urazów, komplikacji przy porodzie, złamań kości, operacjach korygujących oraz w leczeniu ostrych, zagrażających życiu chorób. Naturopaci natomiast mogą we wszystkich tych przypadkach zapewnić doskonałe leczenie uzupełniające. Metody medycyny naturalnej z powodzeniem stosowano także w leczeniu raka. Tysiące pacjentów zgłaszało zdumiewające przypadki powrotu do zdrowia po zastosowaniu naturopatycznych metod leczenia, takich jak post, dieta terapeutyczna, wodolecznictwo, ziołolecznictwo oraz inne techniki pobudzające układ immunologiczny. Naturopaci niechętnie ogłaszają informacje o tego typu przypadkach, ponieważ w USA w wielu stanach do leczenia raka uprawnieni są jedynie lekarze medycyny konwencjonalnej. Lekarze medycyny naturalnej mogą jednak współpracować z onkologami. Dotyczy to działań mających zapobiec skutkom ubocznym terapii konwencjonalnych.